Votre intestin contient 38 000 milliards de micro-organismes.
C’est plus que le nombre total de cellules humaines dans votre corps. Ces micro-organismes — bactéries, virus, champignons, archées — forment ce qu’on appelle le microbiome intestinal. Ils pèsent environ 1,5 kilogramme. Ils produisent des vitamines, régulent le système immunitaire, synthétisent des neurotransmetteurs. 90% de la sérotonine de votre corps est produite dans votre intestin — pas dans votre cerveau.
Ce n’est pas de la médecine alternative. C’est de la biochimie publiée dans Nature, Cell et Science depuis les années 2000.
La question qui suit naturellement : si ce système est aussi fondamental, que se passe-t-il quand on le détruit ?
Les antibiotiques sont la première réponse. Une cure d’antibiotiques à large spectre peut éliminer jusqu’à 30% de la diversité du microbiome intestinal. Pour la plupart des gens, la récupération prend plusieurs mois. Pour certains, elle n’est jamais complète. En France, nous consommons environ 30 doses d’antibiotiques pour 1 000 habitants par jour — l’un des taux les plus élevés d’Europe. Les antibiotiques sont nécessaires quand ils sont nécessaires. Le problème, c’est qu’ils sont souvent prescrits pour des infections virales contre lesquelles ils n’ont aucun effet.
Mais les antibiotiques ne sont pas la seule menace.
Le glyphosate — principe actif du Roundup — est classiquement présenté comme un herbicide ciblant une voie métabolique absente chez les mammifères. Ce qui est exact pour nos cellules. Ce qui est faux pour nos bactéries intestinales : elles utilisent précisément cette voie — le shikimate pathway — et y sont sensibles. L’exposition chronique au glyphosate via les résidus alimentaires modifie la composition du microbiome, favorisant certaines espèces opportunistes au détriment des espèces protectrices.
Les ultra-transformés font leur part : les émulsifiants industriels altèrent la couche muqueuse qui protège la paroi intestinale. La diversité du microbiome est directement corrélée à la diversité alimentaire — un régime pauvre en fibres, riche en sucres rapides et en additifs, appauvrit mécaniquement la biodiversité intestinale.
Les conséquences ne se limitent pas à la digestion.
L’axe intestin-cerveau est une voie de communication bidirectionnelle — nerf vague, voie hormonale, voie immunitaire. Les chercheurs parlent de « psychobiome » pour décrire l’influence du microbiome sur les états mentaux. Des études cliniques montrent des modifications du microbiome dans la dépression, l’anxiété, l’autisme, la maladie d’Alzheimer. La relation causale est encore en cours d’établissement — mais la corrélation est documentée dans des centaines d’études indépendantes.
En 2019, une étude belge publiée dans Nature Microbiology a identifié deux groupes de bactéries — Coprococcus et Dialister — systématiquement appauvris chez les personnes souffrant de dépression, indépendamment de tout traitement antidépresseur. Ces bactéries produisent de l’acide butyrique et des métabolites liés à la synthèse de dopamine.
On traite la dépression avec des inhibiteurs de recapture de la sérotonine. On traite rarement le microbiome.
La restauration du microbiome a ses outils : fibres fermentescibles (prébiotiques), aliments fermentés (probiotiques naturels — kéfir, choucroute, kimchi, yaourt vivant), réduction des ultra-transformés, réintroduction de la diversité végétale. Aucun de ces outils n’a de brevet. Aucun ne génère un marché pharmaceutique à 50 milliards.
La compréhension du microbiome est l’une des révolutions scientifiques les plus importantes de ce siècle. Elle remet en question la médecine organe par organe, la psychiatrie centrée sur les neurotransmetteurs cérébraux, la diététique centrée sur les macronutriments.
Elle n’est pas encore dans les cabinets médicaux.
Elle est dans les données — depuis vingt ans.
Pour aller plus loin :
– La Bible du Microbiote
– La Bible de l’Alimentation Anti-Inflammatoire